從東京都西部被分割出來(lái)的這座都市中，“超能力開(kāi)發(fā)”被列為學(xué)校課程的一部分。在二百三十萬(wàn)人口中，有八成人都是學(xué)生們，所以被稱為學(xué)園都市。他們每天都在頭腦開(kāi)發(fā)上進(jìn)行相互競(jìng)爭(zhēng)。根據(jù)能力不同，可以分為六級(jí)，從無(wú)能力到超能力。故事的主人公上條當(dāng)麻是學(xué)園里唯一的一個(gè)零能力者。但并非完全沒(méi)有能力，而是他是能力是能夠?qū)⒁磺心芰Φ男Ч麩o(wú)效化。他只有右手能夠使用這種能力，還給自己的這種連上帝的奇跡都能抹殺的能力取名為“幻想殺”。而正因?yàn)樗牟槐簧窦幼o(hù)的大吃大喝手，導(dǎo)致自己常常過(guò)著不幸的人生。某一個(gè)暑假的日子，在家里的陽(yáng)臺(tái)上，他遇見(jiàn)了一位從天而降的全白裝束的修女，這位少女自稱自己的名字叫“禁書(shū)目錄”，并是從魔術(shù)的世界逃了出來(lái)，現(xiàn)在正在被魔術(shù)師追趕中。就這樣，上條當(dāng)麻一腳踏進(jìn)了奇妙世界，開(kāi)始了守護(hù)少女的戰(zhàn)斗……掌握了數(shù)萬(wàn)究極魔法書(shū)的少女與擁有抹殺一切奇跡的上帝之手的少年，會(huì)為大家演繹出什么樣的故事來(lái)呢？